Textos acadêmicos em markdown

Documentos acadêmicos como relatórios, monografias, dissertações, teses, ou mesmo artigos científicos podem ser escritos em linguagem de marcação markdown. O markdown, com extensão .md é uma linguagem de marcação (assim como é o formato html) mais simples de ser confeccionado comparado ao LaTeX que é uma linguagem mais antiga usada para gerar textos para impressão profissional no formato PDF. Markdown, além de ser mais fácil do que LaTeX, é mais versátil e permite gerar saídas em html, com elementos estáticos ou interativos, para publicar na web. Ainda assim, permite gerar documentos em formato DOC ou em PDF de alta qualidade, desde que corretamente configurado.

O formato RMarkdown é um híbrido por mesclar markdown e os códigos em R. A extensão do arquivo é Rmd. O software RStudio IDE é a plataforma ideal para criar um arquivo Rmd e incorporar elementos de textos, figuras, códigos, etc. Pode-se também inserir referências bibliográficas (vide tutorial no RStudio). Nesse caso, as referências ficam armazenadas em um arquivo externo (por exemplo, formato bibtex - extensão .bib) e devem ser inseridas no documento, com as marcações. Quando da renderização do documento para um dos formatos de saída (html ou pdf), a referência é inserida segundo estilo pré-definido. Veremos como criar um documento em RMarkdown com inserção de referências bibliográficas.

Arquivos necessários

Primeiramente deve-se dispor ou criar um arquivo da bibliografia no formato .bib. Há duas formas simples de se fazer isso, a primeira utilizando um programa de referências bibliográficas (EndNote, Mendeley, Zotero, etc.) e a segunda buscando as referências a partir do DOI - Digital Object Identifier. Veremos cada uma delas.

1. Programa de referências

Deve-se exportar a base para um arquivo .bib a partir de programas de organização de referências (Mendeley, Zotero, etc.). ver arquivo bib. Abaixo um exemplo de como criar o arquivo no Mendeley. Veja nessa página um exemplo de como utilizar o programa Zotero.

2. Pacote CrossRef

Um arquivo .bib pode ser alimentado automaticamente utilizando o plugin RStudio do pacote CrossRefque facilita a busca e inserção de uma referência no arquivo uma vez que se tenha o DOI. No exemplo, o arquivo atualizado será o crossref.bib.

Agora que já temos o arquivo com a bibliografia, o nome do mesmo deve ser informado no cabeçalho do arquivo Rmd da seguinte forma (no nosso exemplo, o arquivo é o sad.bib).

---
bibliography: sad.bib
---

Estilo de citação e referência

Pode-se definir o estilo de citação e referência, de acordo com uma norma de um periódico, por exemplo, que será utilizado no documento. Um arquivo externo de estilo tem a extensão .csl, o qual deve ser também deve ser indicado no cabeçalho. Uma lista completa de estilos pode ser encontrada no repositório oficial de arquivos csl. Neste nosso exemplo, utilizamos uma folha de estilos da revista Phytopathology. Ver arquivo phytopathology.csl

---
bibliography: sad.bib
csl: phytopathology.csl
---

Inserção das referências

Definidos o arquivo de referências e o estilo, as citações podem ser inseridas no texto pelo nome que identifica a referência (ver arquivo bib) precedido por @. Ex @Domiciano2014

Uma forma facilitada é usar um Addin (do RStudio) do pacote citer. Veja o tutorial do pacote que ensina como instalar e utilizar o plugin https://github.com/crsh/citr.

library("citer")

Agora podemos inserir citações no texto conforme abaixo.

Four phases in the evolution of SADs ..  
into account [@Amorim1993; @Godoy1997; @Michereff2006a];
III) a period beginning in ... accuracy[@Michereff2000]; 
and IV) the current period when concordance analysis began 
to substitute linear regression in SAD research [@Spolti2011],
and the effect of the SADs on the accuracy components are 
tested formally comparing unaided and aided estimates by a
sample of raters [@Yadav2013]. 

O código acima irá gerar o seguinte html depois que for renderizado (knit).

Four phases in the evolution of SADs .. into account (Amorim et al. 1993; Godoy et al. 1997; Michereff et al. 2006); III) a period beginning in .. in accuracy(Michereff, Maffia, and Noronha 2000); and IV) the current period when concordance analysis began to substitute linear regression in SAD research (Spolti et al. 2011), and the effect of the SADs on the accuracy components are tested formally comparing unaided and aided estimates by a sample of raters (Yadav et al. 2013).

Lista de referências

A lista de referências é inserida no final do documento. Note que as referências bibliográficas presevervaram a acentuação do idiomo Português. Isso é devido a configuração da linguagem do sistema. No caso do idioma em português, usou-se o pt_BR.UFT-8. Pode-se digitar o comando no console ou em um chunk de código.

Sys.setlocale("LC_ALL", 'pt_BR.UTF-8')

Mais informações sobre uso de Markdown em publicações acadêmicas:

• Academic writing with markdown

• An R Markdown Template for Academic Manuscripts

• Writing technical papers with markdown

• Academic markdown and citations

• Video: Academic writing in Markdown (https://www.youtube.com/watch?v=hpAJMSS8pvs)